Magnus Ehingers undervisning

— Allt du behöver för A i Biologi, Kemi, Bioteknik, Gymnasiearbete med mera.

Hur många aminosyror finns det egentligen?

Videogenomgång (flippat klassrum)

Det här är något som jag endast nämner som överkurs i kursen Kemi 2 (eller Biologi 1). Men för den som är nyfiken kan det ändå vara intressant!

Aminosyrans struktur

En organisk molekyl med amingrupp + karboxylgrupp.

Klassiskt: α-aminosyror.

  • Kolatom α är den kolatom som sitter precis jämte karboxylgruppen.
  • I α-aminosyror sitter amingruppen på α-kolatomen.
  • R-gruppen kan vara en väteatom, en metylgrupp eller en annan av totalt 20 olika varianter. (Eller…?)
  • Bygger upp proteiner.

Strukturformeln för en generell α-aminosyra.Strukturformeln för en generell α-aminosyra.

Icke-proteinogena aminosyror

Det finns en många (oändligt många!) aminosyror som inte ingår i några proteiner. Två exempel är karbaminsyra och gamma-aminobutansyra (GABA).

Modell av karbaminsyra. Strukturformeln för karbaminsyra.
Karbaminsyran innehåller både en amingrupp och en karboxylgrupp, och kan därför betraktas som en aminosyra. Den har dock bara en enda kolatom, och är därför ingen α-aminosyra.
Modell av gamma-aminobutansyra (GABA). Strukturformeln för gamma-aminobutansyra (GABA).
I gamma-aminobutansyra sitter amingruppen på kolatom γ. Därför är gamma-aminobutansyra inte en α-aminosyra utan en γ-aminosyra.

Proteinogena aminosyror

Proteinogena aminosyror = bygger upp proteiner.

Det finns 20 standard-aminosyror.

  • Dessa kodas direkt för i den genetiska koden.

Det finns två icke-standard-aminosyror.

  • Kodas inte i DNA-molekylen som standard.

Ur tabellen nedan kan man utläsa vilket kodon som kodar för vilken aminosyra.

Den genetiska koden
  Bas 2
UCAG
Bas 1U

UUU Fenylalanin
UUC Fenylalanin
UUA Leucin
UUG Leucin

UCU Serin
UCC Serin
UCA Serin
UCG Serin

UAU Tyrosin
UAC Tyrosin
UAA Stopp
UAG Stopp

UGU Cystein
UGC Cystein
UGA Stopp
UGG Tryptofan
C

CUU Leucin
CUC Leucin
CUA Leucin
CUG Leucin

CCU Prolin
CCC Prolin
CCA Prolin
CCG Prolin

CAU Histidin
CAC Histidin
CAA Glutamin
CAG Glutamin

CGU Arginin
CGC Arginin
CGA Arginin
CGG Arginin
A

AUU Isoleucin
AUC Isoleucin
AUA Isoleucin
AUG Metionin, Start

ACU Treonin
ACC Treonin
ACA Treonin
ACG Treonin

AAU Asparagin
AAC Asparagin
AAA Lysin
AAG Lysin

AGU Serin
AGC Serin
AGA Arginin
AGG Arginin
G

GUU Valin
GUC Valin
GUA Valin
GUG Valin

GCU Alanin
GCC Alanin
GCA Alanin
GCG Alanin

GAU Asparaginsyra
GAC Asparaginsyra
GAA Glutaminsyra
GAG Glutaminsyra

GGU Glycin
GGC Glycin
GGA Glycin
GGG Glycin

Selenocystein

Selenocystein.Selenocystein.

Cystein.Cystein.

Aminosyran cystein kodas av kodonen UGU och UGC (se ovan). Kodonet UGA kodar vanligtvis för "stopp".

  • Om kodonet UGA följs av en speciell SECIS-sekvens i mRNA-molekylen kan det hos vissa organismer (inte alla!) istället infogas en selenocystein-molekyl.

Selen har likartade egenskaper som svavel.

  • Båda är i samma grupp i det periodiska systemet (syregruppen).

Pyrrolysin

Strukturformeln för pyrrolysin.Strukturformeln för pyrrolysin.

Uppbyggd av två lysin-molekyler som fogats samman och modifierats.

Finns hos några bakterier och arkéer (men inte hos exempelvis människa).

Kodas av UAG ("stopp") i de aktuella organismerna.

Så, hur många aminosyror finns det?

Det finns (teoretiskt sett) oändligt många aminosyror.

  • En del av aminosyrorna är α-aminosyror.

Det finns (teoretiskt sett) oändligt många α-aminosyror, eftersom de kan ha olika R-grupper.

Vi känner hittills till 22 proteinogena aminosyror: